| 物種調查 |
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| 鳥類調查 |
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蓮花山擁有豐富的鳥類資源，已記錄的鳥類達到170多種，顯示出極高的鳥類多樣性。由於周邊地區相對惡劣的自然環境，蓮花山的茂密森林成為很多遷徙候鳥的停歇地。蓮花山的鳥類棲息地複雜多樣，包括清澈的小溪、散布的濕地、茂密的灌叢、亞高山草甸和陡峭的岩壁……
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| 哺乳動物調查 |
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保護區尚未對哺乳動物進行係統的研究。綜合見到的個體、動物留下的足跡以及糞便，發現有蹄類動物包括麅子和鬣羚。保護區的職工還見過林麝和盤羊。保護區還曾是岩羊和羚牛的分布區，但現在這些物種已經瀕臨滅絕或早已滅絕。
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| 其他動物調查 |
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保護區內魚類、兩棲類、爬行類以及無脊椎動物的資料更為缺乏，隻有零星的記錄，如在沙河灘的森林中生活著中國林蛙（Rana chensinensis），在保護區管理局邊觀察到狼蛛（Lycosa sp.）等。希望將來能對保護區的各種動物進行更深入的研究，搞清楚它們的豐富度和種群生存狀態。
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